Первый эфир состоялся 5 июля 1999 года, ведущими проекта были Ольга Шелест и Антон Комолов. Концепция программы была построена на живом общении, в прямом эфире принимались заявки на попадание в эфир от зрителей, также раз в неделю ведущие переодевались в персонажей сказок и кино (костюмные дни). Искромётный юмор передачи и популярность ведущих сделали «Бодрое утро» одной из самых рейтинговых программ на MTV.
С 2001 года, после выхода программы из отпуска, программа стала выходить из новой студии и с полностью новым графическим оформлением. Второй парой ведущих стали Иван Ургант и Беата Ардеева, однако их эфиры пользовались меньшей популярностью. Также несколько раз были эфиры Ургант — Шелест и Ургант — Комолов. Появились новые темы — к примеру понедельник был днем мужских историй, а постоянным днем переодевания стал четверг. Также постоянной составляющей стал операторский смех за кадром, а осветитель Игорь Коробейников и суфлер Денис Хорешко, до последнего дня не появлявшиеся в кадре, стали закадровыми героями.
Программа до последнего дня находилась на пике популярности. Спонсором программы в 2001—2002 годах был шоколадный батончик «Финт».
В апреле 2002 года в связи с грядущими переменами и необходимостью высвободить людские и материальные ресурсы для реализации новых проектов руководство «MTV Россия» приняло решение о снятии с эфира ряда программ («12 злобных зрителей», «Тихий час», «Бодрое утро», «Правило буравчика», «ПапарацЦі» и «V.I.P. Каприз»). По мнению руководства телеканала, «глупо держать таких ведущих, как Ольга Шелест и Антон Комолов, на одном проекте и дальше».
В связи с изменением состава руководства канала 14 июня 2002 года программа была закрыта. Последний эфир провели Иван Ургант, Ольга Шелест и Антон Комолов. Последние ведущие передачи на тот момент уже не являлись штатными сотрудниками «MTV Россия» в связи с тем, что в конце мая они перешли в штат ЗАО «Шестой телеканал» (ТВС), где стали вести программы «За стеклом» и «Земля — воздух» соответственно, а на «Бодром утре» появлялись только потому, что по трудовому законодательству обязаны были отработать ещё 2 недели с момента подачи заявления об увольнении[5]. В последние кадры были приглашены активные зрители и работники программы, а операторы показали друг друга. На последних минутах все пели «Мы желаем счастья вам».
Осенью 2005 года руководством канала была предпринята попытка возродить передачу, ведущим был Юрий Пашков. Программа выходила с 5 сентября по 25 ноября. Успеха программа не достигла и была повторно закрыта.
В марте 2019 года MTV Россия возобновил программу «Бодрое утро» в новом формате. Ведущими стали Тата Меграбян и Артём Колесников.